Benfeld est à l'origine une annexe de la ville romaine d'Ehl détruite en 407 par les vandales et située à l'est de la localité.
Un château épiscopal, propriété des évêques de Strasbourg, y est attesté dès 1135, il s'élevait le long du rempart nord.
Elevé au rang de ville en 1306 par l'empereur Albert 1er, la ville est prise en 1331 par les troupes du Duc de Wurtemberg suite à la trahison de Stubenhansel dont on retrouve l'effigie sur l'horloge astronomique de l'actuel hotel de ville.
En 1394, l'évêque Guillaume de Diest engage Benfeld à la ville de Strasbourg.
En 1444, elle résiste à l'assaut des armagnacs.
En 1538, l'évêque Guillaume de Honstein la rachète et elle devient le siège du bailliage.
Lors de la guerre de 30 ans, après un siège de 66 jours Benfeld défendu par Louis Zorn von Burlach est prise par les suédois en 1632 et devient le siège de leur quartier général.
Le traité de Westphalie en 1648 impose la destruction des fortifications.
A la révolution Benfeld devient le siège d'un des cinq district du département du Bas Rhin.
En janvier 1945, la ville est en partie détruit lors d'une contre-offensive de l'armée allemande.